2065 год. Земля лежит в руинах после вторжения фантомов — загадочных инопланетных существ, не имеющих физического тела, но убивающих всё живое прикосновением. Человечество почти уничтожено, оставшиеся в живых укрываются в изолированных городах под куполами. Ученый Аки Росс верит, что ключ к победе над фантомами лежит не в оружии, а в самой природе — в энергии жизни, способной нейтрализовать угрозу. Вместе с доктором Сиди и командой элитных бойцов во главе с капитаном Эдвардсом она отправляется в отчаянную миссию: найти восемь духовных «волн», чтобы создать мощный энергетический отклик, способный изгнать пришельцев и вернуть надежду человечеству.